Shinji Yagami üniversite öğrencisidir. Hayaletler görmesi yüzünden zor zamanlar geçirmektedir. Koyomi Nad'ya karşı hisleri var . Koyomi; Nada'yı korumak için, Shinji ve Koyomi üniversitelerindeki doğaüstü araştırma grubuna katılır. Perili kampüsün gizemini; doğaüstü araştırma grubunun üyeleriyle çözmeye çalışır.