Ölüme mahkum edilmiş bir suçlu olan Callum Lynch, Abstergo Industries adında çok zengin bir şirket tarafından ele geçirilir. Şirketin büyük yatırım yaptığı Animus Projesi, kişilerin atalarından kalan ve genlerine işlenmiş hatıra ve yeteneklerini ortaya çıkarmayı amaçlamaktadır. Callum Lynch, 15. yüzyıl İspanyol Engizisyonu döneminde Suikastçiler adıyla bilinen bir örgütlenmenin üyesi olan Aguilar de Nerha'nın akrabası olduğunu öğrenir ve onun hatıralarıyla yeniden yüzleştirilir. Bu esnada atasının olağanüstü yetenekleriyle donanan Lynch, Suikastçiler'in o dönemki en büyük düşmanı olan Tapınakçılar'ın günümüzdeki temsilcileriyle mücadele etmeye hazır hale gelecektir.
